あらすじ

かつてエンパイアという悪の組織があった。
エンパイアに拉致された少女美住アズサはエンパイアの魔法少女化計画により魔法少女となる。
アズサは魔法少女になった際にエンパイアの洗脳が解けエンパイアと敵対。
自らをシャイニーパールと名乗りエンパイアを崩壊させた。
しかしエンパイアの怪人化の薬のノウハウや洗脳技術が流出。
世界中でエンパイアの負の遺産による事件が発生していた。
アズサは信頼できる研究員たちと協力し魔法少女機関を立ち上げる。
そしてアズサの魔法少女の力を解析し、素質のある者なら魔法少女になれる魔法少女システムが完成。
こうして世界中で魔法少女が活躍することになる。
そして、アズサの支部にも一人の魔法少女が配属される。
彼女の名は魔法少女ウィンクルトパーズ！